Laboratorium MIPA terdiri dari Lab Fisika, Biologi, Kimia dan Matematika. Lab MIPA ini juga mengadakan perkumpulan Triple-I yaitu kegiatan para santri yang berminat dibidang sains dan diampu oleh para asatidz pengajar fisika, kimia dan biologi. Kegiatan triple-I juga mengadakan kegiatan outdoor diluar pondok. Gedung Lab MIPA dibangun pada tahun 1997 dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Dr. Ing. Wardiman Joyonegoro

Lab bahasa memiliki kapasitas untuk 40 siswa. Lab Bahasa berdiri dan diresmikan pertama kali pada tahun 1991. Pada tahun 2009 ini sudah di perbaiki dan menggunakan lab bahasa multimedia komputer sehingga panel2 yang digunakan bukan lagi manual tapi sudah menggunakan komputer.

Lab komputer PPMI Assalaam sampai saat ini memiliki 3 ruang lab komputer. 1 Lab Multimedia sebanyak 40 Pc dan 2 lab komputer biasa sebanyak 50 Pc. Seluruh fasilitas lab komputer sudah terkoneksi internet selama 24 jam dan dapat digunakan untuk kepentingan KBM. Selain itu, unit MTs PPMI Assalaam juga membuka Lab Multimedia 2 local kelas untuk penunjang kegiatan KBM. Fasilitas komputer didalamnya sebanyak 20 untuk putra dan putri.